京城商業銀行之前身為臺南區中小企業銀行由臺南區合會儲蓄公司改制而成。成立之初,營業區域為云嘉南地區,以投標式合會業務營運。1975年7月4日銀行法公布實施,規定合會儲蓄公司依法須改為專業銀行,故自1978年1月1日起改制為“ 臺 南區中小企業銀行”;簡稱 臺 南企銀;于同年1月5日正式對外營業。后于1983年7月20日股票公開上市。
改制京城銀行
為符合改制商業銀行標準最低實收資本額為新臺幣一百億元,2005年增資新臺幣36億元,于2006年5月3日更名改制為“京城商業銀行”;名稱“京城”兩字取于“精誠所至;金石為開”、而企業標志為原省轄臺南市市花“鳳凰樹”,象征銀行立足府城、花開全臺。
各地分行:
為拓展經營范圍,1995年設立臺北分行,即第一家跨區經營之分行;后配合主管機關解除中小企業銀行跨區遷移之限制,陸續遷移部份分行,目前共有64個營業單位遍及臺南及臺北、新北市、桃園、新竹、臺中、云林、嘉義和高雄地區。