肇源縣交通便利,航空、鐵路、公路、水路四通八達。距離大廣高速公路起點的大慶機場僅120公里,開通了多條國內大中城市的定期航班。通讓鐵路橫穿西部重鎮新站鎮,松花江大橋連通三省五市,打開黑龍江省西南部出省入關通道,使肇源成為大廣高速公路的重要節點和樞紐城鎮。肇源新港是黑龍江省第四大港口,年吞吐量120萬噸以上,開辟了肇源至哈爾濱、佳木斯、同江、俄羅斯以及東南亞地區北上貿易通道,實現了江海聯運。沈鐵物流新肇內陸港,是我省西部最大的內陸口岸和最大的糧食物流中心,年過貨能力380萬噸,開通了昆明、濟南、上海、成都等等五個限制港,與錦州港、大連港、營口港等五個港口聯檢,實現鐵海聯運。肇源現已成為大慶對外開放的南風窗、黑龍江西南通道的橋頭堡、哈大齊工業走廊的物流地。