此外,摩境內建有6個自由經濟特區。特區擁有獨立的海關,區內實行特殊的關稅、稅收、外匯、簽證和勞務制度。特區內可以從事出口產品的生產,過境商品的分類、貼標、包裝和類似業務,以及為完成上述工作所必需的公共服務、倉儲、建筑、供電等業務。特區內企業享受的優惠是:出口稅減半,出口以外的收入稅減75%;投資100萬美元以上的企業3年免征所得稅,投資500萬美元以上的企業5年免征所得稅。
2006年摩已獲得歐盟特殊普惠制(GSP+),其80%的商品享受免關稅進入歐盟市場的待遇,與獨聯體主要國家實行自由貿易,與東南歐國家簽訂了自由貿易協定。目前在摩爾多瓦開展對外經貿活動的條件更為便利,投資環境日趨改善。