在醫學研究MPI，物理學家，化學家和生物學家創造與基礎醫學科學長期相關的知識。隨著2015/16年度三位新主任的到來，該研究所有一個新的統一主題：觀察和控制細胞環境中非常復雜的大分子相互作用，包括健康和疾病。目前的四個部門通過其互補的專長為這一目標做出了貢獻：具有納米分辨率的光學顯微鏡Stefan Hell ），化學報告分子的設計（凱·約翰森），大分子結構測定（Ilme Schlichting），細胞，材料和生物物理學（Joachim Spatz）。該研究所具有突出的突破性歷史，自成立以來，向研究人員頒發了六項諾貝爾獎。
生物分子機制部主任（Ilme Schlichting）
該部門自2002年以來一直在研究所。研究的主題涉及由酶催化的活細胞中的復雜化學反應。首先通過使用自由電子激光來確定重要酶分子的原子結構。
光學納米鏡部（Director：Stefan Hell）
Stefan Hell是MPTF和Göttingen生物物理化學MPI的董事。
化學生物學系（主任：凱·約翰森）
Kai Johnsson將從目前在洛桑（瑞士）的位置移至MPImF。他在這里的董事職務最初將是輔助的，直到他在洛桑任期于2017年結束。
細胞生物物理系 （主任Joachim Spatz）
Joachim Spatz的部門目前在斯圖加特的智能系統MPI，海德堡大學設有一個分支機構。這些將團結起來，組建新的MPImF部門。
馬克斯·普朗克醫學研究所
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Barends，Thomas RM 托馬斯·巴倫斯
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