于田縣位于塔里木盆地的南緣。南靠雄偉的昆侖山與西藏自治區改則縣、日吐縣。北臨浩瀚的塔克拉瑪干大沙漠與沙雅縣接壤,東連民豐,西鄰策勒。克里雅河由南向北縱貫全境。形成南北長約466公里,東西寬30至120公里的長帶牛腿形狀。土地面積3.95萬平方公里,折合為5925萬畝,占自治區總面積的2.38%。綠洲面積1773平方公里,合356.95萬畝。現有耕地38萬畝,人均占有耕地1.85畝;總人口20.97萬人,是一個以維吾爾族為主的少數民族聚居區。
縣城駐木乃尕拉鎮,距和田市177公里。沙漠和戈壁占全縣總面積的62.7%,山區占總面積的31.3%,綠洲占總面積的6%。
于田縣的地形是南北長,成帶狀。地勢南高北低,具有鮮明的垂直地帶差異。東西為礫石戈壁所環繞,水平差異不太明顯。南部山區有草原,山間河谷開辟為農田。中部平原綠洲,土層深厚,地勢平坦。北部沙漠區有較大面積的平原和荒漠天然森林。