瑪納斯縣按照“工業進園區、招商進規劃”的總體要求,密切結合本地實際,以園引企、以企興園,科學規劃,合理布局,重點加強了五大工業園區建設。一是加強城西工業園區建設。重點發展電力、漿粕、短絲、化工、棉紡等行業,培育全疆最大的電力生產基地、全國最大的棉漿粕和粘膠短絲生產基地。目前已形成以天山電力、澳洋科技、金信化工、恒誠棉紡為龍頭的產業集群;二是加強城南工業園區建設。以農夫山泉、屯河番茄為龍頭,抓好產品延伸配套和規模擴張,在全疆形成特色鮮明的食品工業園;三是加強城東工業區建設。重點以石油化工、煤化工、軋花、紡織等為主,積極建設綜合工業園;四是加強城北工業園區建設。重點以農副產品加工、水產、畜牧、生物制藥為主,建設高科技工業園;五是加強南山能源工業園區建設。以發展煤電一體化、水電一體化、礦產資源開發和下游產品延伸等為主,建設能源礦產工業園。截至目前,瑪納斯縣已累計投入近2億元,用于工業園區的基礎設施建設和配套設施完善,五大工業園區的雛形已基本形成。2006年,該縣五大工業園區累計引進項目7個,其中:億元以上項目1個,5000萬元以上的項目2個,園區工業增加值45000萬元,園區工業總產值122000萬元。