馬來西亞稅收種類份直接稅和間接稅。直接稅包括：所得稅、不動產盈余稅和石油所得稅等；間接稅包括：國產稅、關稅和進出口稅、銷售稅、服務稅和印花稅等。
馬來西亞聯邦政府和地方政府實行分稅制，具體稅種見下圖：
（一）、聯邦政府征收的稅種
聯邦政府征收的稅種稅率及稅收比重
財政稅(約占80%)和非財政稅(約占20%,含有關政府性收費)
財政稅分為直接稅和間接稅，其中：
直接稅約占54%，包括：所得稅（公司，稅率28%；個人，稅率0-28%；石油業，稅率38%）其他則包括印花稅，稅率0-2%等；
間接稅約占46%，包括 出口稅
進口稅，0-300%
服務稅，稅率5%
銷售稅，稅率0-25%
貨物稅
其他
（二）、地方政府征收的稅種
州政府征收的稅種主要有：土地礦山和森林稅、執照稅（不含機動車、電氣設備和商業注冊執照）、娛樂稅和酒店稅等；門牌稅由市鎮當局征收。
二、馬來西亞稅收行政管理
中央稅、中央與地方共享稅和地方稅由聯邦政府、州政府和市鎮當局三套各自獨立的稅務機構或授權部門分別征收，征稅范圍與稅收收入歸屬一致。另外，各地郵局可代收有些稅款，大大方便了納稅人。
馬來西亞聯邦政府財政部統一管理馬稅務制度，負責制定、實施及管理該國稅收政策，由其下屬內陸稅收局和皇家關稅局具體管理和實施。
（一）、內陸稅收局主要負責評估、征收直接稅，如所得稅、附加稅、房地產稅、印花稅等。在全國各地設有二十五個評估分支機構和十六個調查中心（主要負責逃稅事宜），統籌管理全國各地直接稅的評估和調查工作。內陸稅收局還具有與外國商簽避免雙重征稅協定的職能。
（二）、皇家關稅局（又稱：皇家關稅和貨物稅局）主要征收間接稅，如進口稅、出口稅、銷售稅和服務稅等。主要職能有：
1、負責制定管理間接稅種；
2、通過引進新方法和先進設備來提高征稅效率；
3、通過減免征收、建立免稅區等措施協助促進工業發展；
4、引進預防逃稅及稅收損失的措施；
5、研究商品的價值，確定征收稅額；
6、代表貿工部和內貿部等其它部委開展部分工作；
7、積極參加關稅合作委員會、東盟、世貿組織等國際組織的活動等。
皇家關稅局下設六個主要部門：
1、統籌管理和財務處；
2、關稅處；
3、國內稅收處；
4、預防處；
5、研究、規劃和培訓處；
6、稅收處
（三）、州政府以及沒有專門的地方稅務局，而是根據征收的稅種，由相關的部門進行征收，如土地稅、礦產稅由州礦務局征收，森林稅由州森林局征收。州政府財政部門給與政策上的指導。
三、主要稅種稅率
1、公司所得稅
一般而言，在馬經營的公司一切收入均應課稅。但是，居民公司和非居民公司匯入馬來西亞的款項得以免稅（銀行、保險、海運及空運公司除外）。如公司在馬來西亞實施其業務控制及管理，該公司即被視為居民公司。
一般外資企業所得稅與國內企業一樣同為28%，獲新興工業地位的公司可按有關規定獲得優惠。從事石油生產的公司，所得稅稅率為38%。
2、個人所得稅
居民在馬取得的收入和自馬境外匯入國內的收入以及非居民在馬工作期間取得的收入均應繳納所得稅。居民個人所得稅率采用0-28%的累進稅率，對符合相關規定的，可予以減免。非居民個人的所得稅率為28%，除對在馬短期逗留和在馬工作不滿60天的非居民取得的收入可予免稅外，非居民的其他收入不享有減免優惠。
對于非居民個人在馬期間取得的下列收入，須預先交納特定的所得稅：
- 因動產的使用、提供技術咨詢服務、提供廠房和機械安裝服務以及因提供其他無形資產的使用而取得的收入預先繳納的稅率為10%；
- 因提供專利的所得預先繳納的稅率為10%；
- 銀行存款利息所得預先繳納的稅率為15%；
- 大眾演出的所得預先繳納的稅率為15%。
3、不動產盈利稅
在馬出售不動產、土地權益以及不動產公司的股份而所得收益須繳納不動產盈利稅，馬公民和公司相應稅率如下：
- 自取得該不動產（含有關權益）兩年內出售的，稅率為30%；
- 自取得該不動產（含有關權益）第三年內出售的，稅率為20%；
- 自取得該不動產（含有關權益）第四年內出售的，稅率為15%；
- 自取得該不動產（含有關權益）第五年內出售的，稅率為5%；
- 自取得該不動產（含有關權益）第五年后出售的，公司的稅率為5%，馬公民無須繳納。
馬公民和永久性居民可以享受最高為5000馬幣或所得額10%的免稅。
非馬公民和居民的不動產所得稅，五年內出售不動產及相關權益的，稅率為30%，五年后的稅率為5%，且不享有減免稅優惠。
4、銷售稅
銷售稅為單階段從價稅，所有在馬制造的產品和進口的商品（除可免稅商品外）均須繳納銷售稅，稅率為0-25%，但用來制造課稅貨物的原材料與機械通常可獲得免稅。一些非主要的食品與建筑材料的稅率為5%，煙草和酒類的稅率分別為25%和20%；某些原料性產品、基本糧食、建筑材料、農業用具、以及供建筑業用途的重型機械可獲得免稅；一些觀光旅游和運動用品、書籍、報章與讀物也可獲得免稅。
5、服務稅/消費稅
某些機構場所提供的特定貨物（如食物、飲料和煙草等）和服務須繳納服務稅，亦可視為消費稅，在提供服務或銷售物品時征收，稅率通常為在服務收費或產品售價上另加5%。目前，所有大型飯店以及設在飯店內外的餐廳、為會議及表演提供場地、律師、會計師和測繪師等提供的專業服務、保險和電信服務、保安和休閑等服務，均須繳納服務稅。
6、國產稅
本地制造的一些特定產品須繳國產稅，主要包括香煙、酒類、紙牌、機動車輛等。
7、進口稅
大多數進口貨物需繳付進口稅，稅率分按值計稅和特定稅率。按值計稅的進口稅率介于2%－300%（已裝配完成的汽車）之間。近幾年來，大部份原材料、零部件和機械設備的進口稅已被取消。但自從一九九七年下半年發生金融危機以來，馬來西亞政府為壓縮進口以減少外匯的開支，又調高了一些大型機械設備和高檔消費品的進口稅率，其中豪華汽車整車的進口稅率從200%提高到300%。
根據馬來西亞承諾的東盟共同有效特惠關稅方案，至2003年1月1日起，東盟其他成員國進入馬來西亞的除汽車及零部件外的其他商品的進口關稅減至0-5%。
8、出口稅
馬來西亞除對一些資源性商品的出口征收出口稅外，通常對制成品的出口免征出口稅。馬來西亞征收出口稅的應稅商品包括原油、原木、鋸材和棕櫚油等資源性商品。
9、印花稅
印花稅的課稅對象為某些票據和文件，依據票據及文件的種類以及所涉及的交易額采用不同的稅率。對于企業來說，其資產首次達到10萬馬幣的，征收1%的印花稅，超過該金額的，征收2%的印花稅。對于可轉讓政權，印花稅稅率為0.3%。某些票據，如提貨單和版權專利商標等權益轉讓的票據，免征印花稅。
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