西漢時屬益州郡,東漢時屬永昌郡,蜀漢時屬云南郡,唐初屬陽瓜州,南詔時屬蒙舍賧,宋時屬天水郡。元忽必烈至元十二年(1275年)始建縣,稱名定邊縣,屬鎮南州。至元二十四年(1287年)革定邊縣改為鄉,仍屬鎮南州。明洪武十七年(1384年)復置定邊縣,屬楚雄府。清雍正七年(1729年)裁定邊縣,歸蒙化府。民國屬蒙化縣。中華人民共和國成立后,1950-1960年屬巍山縣。1961年10月由巍山縣分出籌建南澗縣。1963年9月,經國務院批準設立南澗縣,1965年11月27日成立南澗彝族自治縣。
“十五”以來,南澗縣進一步加大交通基礎設施建設力度,強化交通行業管理,交通狀況不斷改善。目前,縣鄉公路等級不斷提高,境內公路總里程達2469公里,所有行政村通公路,村組公路通路率達87%。馬安、巍南、岔小公路建設工程全面完工,公民、沙樂、無量等一批縣鄉彈石路建設全面完工;建成了兩個農村五級客運站和3個碼頭停靠點;新修村組公路830公里;投資2614萬元的農村公路通達、通暢工程建設進展順利。基本形成了以過境干線公路為骨架,縣鄉公路為脈絡,鄉村道路相連通的交通網絡,便利的交通,有力地促進了南澗縣經濟社會的全面發展。境內交通基礎設施的改善,促進了道路運輸業的快速發展。全縣8個鄉鎮均開通了客運班車,縣城開往各地的客運車輛中巴車日發班次達121次,已統一規范進站、從事旅客運輸經營的微型車95輛,客運市場日益活躍;境內“四線一站”工程的實施,加快了物流周轉運輸,貨運事業蓬勃發展,擴大了南澗對外宣傳和開放的力度,交通運輸經濟日趨繁榮。