一、稅收征管
肯尼亞稅務局(KRA)負責估稅、征收中央稅和執行稅法。稅務局有三個部門：所得稅部門、增值稅部門以及關稅和國內消費稅部門。每個部門由一名監督官(COMMISSIONER)負責。
肯尼亞自1992年起實行所得稅自我估稅。從事經營活動的公司和個人在每個稅收年度結束的4個月內，必須申報自我估稅報告。
二、主要稅種
肯尼亞中央政府征收直接稅和間接稅。直接稅包括公司及個人所得稅。間接稅包括增值稅、關稅和國內消費稅。地方政府主要征收房地產稅、貿易許可費和服務性收費。
三、稅收條約
肯尼亞與加拿大、丹麥、馬拉維、挪威、瑞典、英國、贊比亞簽訂有稅收協議，與其他國家稅收協議正商簽之中。這些協議規定避免雙重征稅，稅收減讓和取消預扣稅。
一、應稅收入和非應稅收入
(一)應稅收入：
肯稅務局就居民或非居民源自或產生于肯尼亞全部收入征稅。應稅收入包括：1.經營收益或利潤；2.使用或占有財產的收益或利潤；3.資本增益；4.贍養費或類似補助金；5.雇傭、提供勞務的收益或利潤；6.股息；7.利息；8.養老金、社會保障基金；9.其他應稅的收入，包括保險償賠、社會保障金的發放等。
(二)非應稅收入
《所得稅法》表1規定以下組織機構的收入為非應稅收入：1.各類半國營組織；2.合作社團；3.業余體育協會；4.農業社團；5.地方政府；6.慈善信托；7.宗教信托；8.教育信托；9.養老金信托；10.準備金與年金基金；11.戰爭傷殘撫恤金；12.軍隊報酬；13.國外技術援助報酬；14.外國政府的教育贈款。
非應稅收入的利息：1.納稅準備金；2.郵政儲蓄銀行利息(有數額限制)；3.肯尼亞住宅金融公司的儲蓄和貸款利息(有數額限制)。
非應稅收入的居民利息：1.肯政府證券；2.東非高專證券；3.內羅畢市政廳發行的證券。
二、稅率
(一)個人稅率：
個人應稅收入按分級稅率納稅。1999年稅率為：收入10440肯先令及以下，稅率10％；收入10441-20880肯先令，稅率15％；收入20881-31320肯先令，稅率20％；收入31321-40760肯先令，稅率25％；收入40761肯先令及以上，稅率30％。
(二)公司稅率：
對非個人(公司、信托、俱樂部、集團和其它實體)按32.5%的公司稅率對其應稅收入征稅。
(三)非居民：
非居民納稅人的部分特定收入按特定的稅率納稅。管理或專業費：20％；運動或娛樂費：20％；特許權使用：20％；財產使用所得：30％；股息：15％；利息：12.5%；養老金：5％。
三、個人減稅與津貼
個人減稅是取代單身、家庭、保險減稅的統一減稅。一個有應稅收入的個人有權獲得每月660先令(7920先令/年)的個人減稅。建議雇主自動給予雇員個人減稅，而無論其婚姻狀況如何。為多個雇主服務的雇員只能從一個雇主獲得個人減稅。需指出個人減稅是抵銷稅收年度的應稅額，而不是應稅收入。
用于購買或改善住房的抵押或貸款利息允許從收入里扣除。該住房必須為私人擁有，并且全部為私人占用。
四、代扣代交制(PAYE)
(一)預扣稅義務
雇主支付給雇員的報酬時， 雇主必須從支付金額里預扣所得稅，并上交所得稅部門，對違反者，處于應稅額的25％，或不低于1萬先令的罰金。
(二)代扣代交申請
代扣代交適用于所有雇傭收入，包括：1.周薪；2.月薪、年薪；3.紅利、傭金、加班費、獎金；4.假期、病假薪金；5.董事費或其它費；6.支付給養老金或退休金領取人每年超過7500肯鎊的部分；7.雇主提供住房的價值；8.臨時但規律的雇傭收入(臨時雇傭收入除外)；9.現金補貼，如住房或租金補貼；10.雇主為雇員支付的私人支出(房租、雜貨單、水電費、電話費等，帳單為雇員的名字)；11.大額費用津貼(根據發生的允許實際的費用，并以月個人減稅調整)；12.匯入雇員帳戶的金額；13.用于旅行或任何其它目的不能證明的現金金額；14.雇主支付的旅行票費。但在國外招聘，單身一人在肯為雇主服務的非居民雇員例外；15.為雇員與董事(不包括全職董事)支付的醫療費(免費醫療服務不包括在內)。
(三)稅表與減稅卡
依據發給雇主代扣代交稅表，按月應稅收入計算預扣的月稅款。該稅額再減去個人月減稅。雇主必須給每個雇員一份月工資清單，注明月收入與預扣稅。
雇員必須保留減稅卡。該卡記錄了整個PAYE年度付款、住房、應稅收入、月個人減稅、每月預扣稅的詳細情況。
代扣代繳的預扣稅必須在預扣后的10 個月內上交清。
五、投資扣除
(一)投資鼓勵
投資扣除作為鼓勵在肯進行經營投資，在申報投資扣除的當年對申報總額按一定比例給予一次性扣除。它是一種稅務額外津貼，但不是年度津貼。
(二)投資扣除
建筑、機器、旅館(投資扣除)費用和船只(船運投資扣除)費用允許的扣除。
以下支出可享受投資扣除：
1．一幢建筑物的建造、購買和內部安裝新機器，用于生產目的所發生的支出，機器的所有者為該建筑的物主或承租人；
2．購買新機器，并在建筑物以前未用于生產部分進行安裝，并將其用于生產目的；
3．發生于1992年1月1日或以后的建筑物建造的資本支出，并且物主或承租人將該建筑用于生產目的；
4．發生于1992年1月1日或以后的購買、安裝以前未曾使用過，且用于生產目的新機器的資本支出；
5．作為工業建筑的旅館建筑的建造發生的支出。
六、工業建筑津貼
《所得稅法》表2列明了允許的扣除。表2的第1部分是關于某些建筑的資本支出允許的扣除，是年津貼，通常稱為“工業建筑津貼”。
該津貼給予工業建筑建造時發生的資本支出，并且該建筑用于物主或承租人開展的業務，計算以后收益或利潤時，使用建筑的稅收年度里資本支出的2.5%給予扣除。按直線方法計算，即每年扣除相等的金額，關于監督官許可的作為工業建筑的旅館或旅館的一部分，年扣除率為4％。
若監督官根據申請，確認建造的類型及其使用的壽命少于40年，則可提高扣除的比例(2.5%年扣除率，在40年內折舊完)。
七、營業資本津貼－－機器
(一)磨損津貼
磨損津貼給予在一個稅收年度用于經營目的的機器。物主在該稅收年度計算他的收益扣除磨損。若向他人出租，物主仍有資格獲得扣除，而承租人不能申報扣除。監督官有權提高磨損津貼。
(二)機器的定義
機器的定義廣泛，包括車輛、船只、飛機、車間。安裝附屬設備時，現有建筑的變動的費用也包括在允許扣除的資本支出里。如安裝電梯時建造升降機井的費用。
(三)機器的分類
任何稅收年度磨損扣除的金額為年底帳面減記價值的適當的百分比。機器分為以下四類：
1. 第一類津貼：37.5％：拖拉機、聯合收割機、重型地上移動設備，其它類似自行推動機器(包括公共汽車、載重超過3噸的重型卡車)；
2. 第二類津貼：30％：計算機、計算機配件、計算器、打印機、復印機；
3. 第三類津貼：25％：其它自行推動車輛、(包括輕型卡車、汽車)；
4. 第四類津貼：12.5％：包括船只在內的其它機器。
八、農業經營
農民是指從事畜牧、農業或其它類似經營的人，包括園藝、林業、家畜飼養、產生利潤的土地及其產品的其它經營。
與其它行業的經營者一樣，對農民的農業利潤進行征稅，農民必須進行所得稅申報，農場收入、日常費用如租金、利息、工資、卡車費用、修理籬笆、車輛、工廠和機器、建筑等，若全部且唯一發生于產生收入中的費用則為允許扣除的費用。僅適用于直接與農業經營有關的費用，而不是資本支出或私人支出。
農民用于個人、家庭或住所，或出于其它個人或家庭目的的收入支出或資本性質的支出，從納稅角度而言，是不允許扣除的費用，家傭工資、俱樂部費、社會用途的農場車輛的費用，農民家庭消費的農產品的費用－－牛奶、奶油、黃油、奶酪、雞蛋、家庭加工的熏豬肉、雞等等－－要求加在利潤中(這是不允許扣除的費用)。
農業機械磨損津貼：四類機器的津貼率同樣適用于農場經營。
工業建筑資本津貼：用于以下目的的建筑享有工業建筑津貼：農業土地的耕作、種植或其它經營，還包括作物的收割。作物指任何形式的植物產品。
九、所得稅的免除
表1中規定了多種農業局或委員會的收入免征所得稅。來自注冊合作社的收入免稅的上限為每個成員每年150肯鎊，僅適用于銷售農業日用品、動物、手工藝品或魚品的收入。
十、申報、通告、評估與支付
(一)申報和公告
監督官根據法律要求，規定通告的形式或其它形式，收入的申報或其它形式申報。
(二)收入的申報
監督官要求任何人向他提供任何稅收年度的收入申報。它必須為收入的全面、真實的申報、包括所有應稅收入。監督官的通告必須是書面的。納稅人在通告發布的30天后提交申報。納稅人必須聲明全面、如實申報收入。
監督官可在任何時候以書面形式要求下列人員提交收入申報：1、死者遺囑的執行人或遺產管理人；2、當地公司的清算人；3、監督官有理由認為將離開肯尼亞的任何人。
(三)應稅通知
未被要求申報收入的應稅人，必須以書面形式通知監督官，若在稅收年度結束后4個月內，他未被要求申報，則需在14日內報告其應稅收入，沒有應稅收入(但不是PAYE一已征稅報酬)的雇員不需作這類通知。
當帳目結束時間不在12月31日時，其經營收益或利潤應被征稅時，若在所得稅年度結束4個月內未被要求申報收入，在14天內寬限期通知監督官其應稅能力。
(四)收入的臨時申報
引入自我估稅原則是為了促進納稅義務的盡早完成，它要求一份收入臨時申報的意見書。除了全部收入符合PAYE者，有納稅義務的人員必須呈交一份收入的臨時申報。當帳目完成之日不是12月31日時，申報必須在會計年度結束后3個月內呈交。在其它情況下，申報的時間不超過下一收入年度的3月31日。它必須包括應稅人的收入估計，還包括根據一定的津貼和稅率對這些收入的應稅額 。臨時申報中必須聲明為全面如實評估。
申報表格根據公司會計期發到公司，發到個人是在下一稅收年度的第一個月。監督官以通告形式要求呈交收入臨時申報。未收到通知者，必須在稅收年度結束4個月后的14日內告監督官。這僅適用于被要求提供收入臨時申報者。
(五)收入的最后申報
所有的有交納所得稅義務的人必須呈交收入申報。已進行收入臨時申報從事經營的人員要求在最后帳目完成后9個月內呈交最后申報。
(六)收入申報的附件
從事經營的人員必須在收入申報中附上已審計帳目的復印件。若帳目未經審計，他必須提交一份自己簽名的證明，該證明規定帳本和進行帳目準備的文件的性質。同時他必須聲明該帳目如實反映了他所有的商業交易和收益或利潤。
帳目指資產平衡表或資產負債表、貿易帳目、損益帳目、收支帳目或其它類似帳目。對公司或合伙關系，亦要求一份規定給以下人員的利潤、利益或任何形式的設施和性質：1、公司給董事或親屬，或年薪超過2，000肯鎊的雇員；2、合伙組織給合伙人。
若給非居民的以下形式的支付，必須在申報中反映出來：1.職工住房租金；2.養老金；3.使用費、管理或專業費；4.利息。
與收入申報的同時還需附上下述文件：1.收到的利息和股息的原始憑證，扣除預扣稅的證明；2.獲得利益的董事和雇員(年收入超過2000肯鎊)的姓名、地址；3.個人領取利息的證明；4.個人被付的人壽保險憑證；5.由雇主個人發給代扣代繳的扣稅憑證。
十一、反對和申訴、罰金和附加稅
(一)反對和申訴
若納稅人對估稅有異議，可在稅務所發布付稅通告的30天內向監督官以書面通告形式提出反對，并陳述詳實的反對理由。若因病或不在肯或其它合理原因，監督官可將期限推至60天內。但仍需交納應稅額。
若監督官拒絕認可反對通告，納稅人有權向地方委員會申訴。需指出的是：1、申訴前必須交納稅款；2、申訴無時間限制；3、對地方委員會的裁決不服，可向高等法院申訴，若不服，可向申訴法院提出申訴。
(二)罰金與附加稅
附加稅：附加稅為正常稅款的3％或5％；
雙倍征收：對應稅收入隱瞞的部分，征收雙倍稅款，亦適用于不允許的扣除、抵銷和對支出或損失的錯誤申報。
關于臨時估稅的利息。當最終估稅額超過臨時估稅的應稅額10％時，則應征收利息形式的罰金，征收利息的利率每月為差額的2％。
未付稅款的利息：未付稅款自到期之日起征收利息。同樣適用于到期未扣除或未交納的預扣稅。年利率為未付稅款的15％直至全部金額付清為止。
一般罰金：應稅額的25％或不低于1萬先令。
一、增值稅起征點
肯尼亞于1990年1月1日開征增值稅。其制度與歐洲國家相同。進口到肯尼亞或在肯尼亞生產的貨物、進口到肯尼亞或由肯尼亞提供的應納稅服務，均征收增值稅。
企業年營業額達到或超過360萬肯先令，必須進行增值稅登記。珠寶商、錄音制作商及每年銷售4輛汽車以上的汽車經售商沒有最低增值稅登記限制。他們必須進行增值稅登記。
二、進項稅與銷項稅
作為納稅人，無論何時提供應稅供應，均應征收增值稅。提供是“產出”，征收的是“銷項稅”。購買是“投入”，支付的是“進項稅”。作為登記人，購買投入而支付的進項稅如與應稅供應直接有關，可予以扣除。但須有供貨商的增值稅發票或進口商品進口報送單，才能扣除。扣除的進項稅不僅限于原料，還包括正常貿易中發生的所有真實的營業支出。如電費、電話費、廣告費、審計費及其他營性支出，可申請扣除，但是汽車油費、家具等不作扣除。
三、增值稅的稅率
供應(包括商品及服務)分應稅供應和免稅供應。應稅供應基本稅率為15％，一些商品和服務出口稅率為零。必需品，包括儀器供應、飯店服務，農業和食品加工設備的增值稅率為6％，奢侈品，包括珠寶、電子娛樂設備在內的增值稅率為25％。
四、增值稅的申報及增值稅發票
每月20日以前，對上上月的商業交易進行增值稅常規申報。增報增值稅表，填報時，可從銷項稅中減去進項稅，交納進項稅與銷項稅的差額，若進項稅高于銷項稅，可將差額帶入下月的增值稅申報表，進行抵減。
根據《增值稅法》規定，在供應的同時，必須給予購買者開具增值稅發票。所有增值稅發票必須是連續序號，按序號發放，包括以下內容：
(一)姓名、地址、增值稅登記號和個人識別號；
(二)發票序號；
(三)發票時間；
(四)若供應與發票時間不符，以供應時間為準；
(五)供貨商的姓名、地址；
(六)商品、服務的種類、數量、價格；
(七)商品和服務臺的每一項征收增值稅的稅率、金額；
(八)供應是現售，還是賒銷；
(九)現金和折扣的情況；
(十)供應的總價值及征收增值稅的總額。
一、關稅總則
肯尼亞的關稅包括如下幾種：進口稅、臨時附加稅、國內消費稅和可普通進口稅(適用于有補貼成分的進口商品)。有三檔關稅：5%、15%和25%。
(一)購銷合同中的貨物的價格已包括關稅，若貨物還未進入肯市場，或出口關稅未付，或國內消費稅務局未付，且合同中無相反規定的條款，在關稅出現下述變化的的情況下，合同的執行有如下幾種不同情況：1、若遇關稅增長或征收新關稅，賣方在付清關稅后，可以在原價基礎上追加關稅變動而產生的價格上漲部分；2、若遇關稅降低或取消，買方可換抵減因此變動而產生的全同價格相應下降的部分；3、若關稅的有關變動待定，關稅確定后，合同價格亦做相應的增減變化。
(二)如果產生一項支付關稅的義務，那么，不論貨物是否在海關有擔保書或其他情況，此義務必須得到執行。
(三)如貨物是應稅商品，那么，此關稅即成為應向政府償還的債務，則貨主應交納關稅，同時關長也可按一定的法律程序征收關稅；
(四)如果關長或海關合作委員會發布了有關對貨物分類計數的新規定，從而使用權相應貨物的關稅降低，那么，任何人無權要求對在規定出臺前多付的關稅退還；
(五)進口貨物的關稅率以貨物抵港后進行進口申報的那一時刻的關稅率為準，貨物抵港前申報進口，進口關稅以貨物實際抵港時的為準；出口貨物的關稅率由貨物進行出口申報時的關稅率決定，如果貨物實際出口時的關稅率與申報時有異，以出口時為準；
(六)財政部長認為進口貨物在當時的進口環境下屬傾銷行為，或進口貨物由出口國政府或其有關機構進行了補貼，那么，部長將在《肯尼亞公報 》上發布命令，對該貨物征收傾銷稅。構成傾銷行為有如下幾種情況：
1．商品的出口價格低于原產國該類產品的正常市場價；
2．若貨物的出口國不是原產國，分二種情況：第一，出口價低于原產國國內正常市場價；第二，出口價低于出口國(非原產國)正常市場價格；
3．貨物在肯國內市場的銷售價低于進口成本，進口成本包括：貨物成本、保費、運費、關稅、其他稅收及其他費用。
二、進口貨物、應征消費稅貨物及出口貨物的貨值
(一)進口貨值的確定
1. 貨值確定的基礎是“正常價格”，即貨物進口后在肯公開市場上銷售的價格。進口貨物的正常價格取決于以下三個假設：(1)貨物是在港口的進口地點提供給買主的；(2)賣方承擔運保費、傭金及其他的成本、雜費和銷售和交貨有關的費用；(3)買方承擔在肯境內的關稅和其他稅收。
2. 如果貨物的進口是在購銷合同項下，那么銷售價即為貨值。
3. 匯率的確定：涉及到外幣折成肯幣的情況時，匯率的確定應按中央銀行最近的即期匯票的賣出價或者是按申報交易所提交的銀行或金融機構所使用的匯率。但關長有權根據上周外匯賣出價的加權平均數并結合官方對某外幣的再估價或貶值的情況來進一步確定匯率。另外，財政部長有權在《肯尼亞公報》上發布外匯折成肯幣應使用的匯率。
(二)出口貨值的確定
1. 出口貨值包括以下幾部分：肯境外買主從肯購貨所花費的成本、包裝費、貨物裝上船之前的運費和雜費、各種稅收。
2. 再出口貨物的貨值包括：進口時的成本、貨物裝船前的運費。
3. 匯率的確定：外幣折成肯幣所適用的匯率應按中央銀行最近的即期限匯票的買入價或按申報單據所提交的銀行或金融機構所使用的匯率。但關長有權根據上周外匯買入價的加權平均數，并結合官方對某一外幣的再估價或貶值的情況來進一步確定匯率。
(三)進口、出口、復出口貨值的估算
如果關長或關長授權的官員有理由認為進口、出口、復出口貨值低于正常價格，那么，該貨的貨值將根據類似貨物所使用的匯率和價格來重新進行估算，并發給貨值估算證。
(四)應征國內消費稅出口商品貨值的確定
1．貨值包括：按一般貨物進口征收進口稅所應確定的貨值、進口稅、臨時附加稅和傾銷稅。
2．本地產品需征從價消費稅應以出廠價為基礎，出廠價包括：包裝費、包裝附著物的費用、有關銷售和交貨所產生的費用。
三、關稅的計算
(一)總則
1．每批貨物的關稅，若(1)等于或低于5先令，不征關稅、臨時附加稅及傾銷稅；(2)5-100先令，金額中的小數部分舍去；(3)100先令以上，小數部分近似為1先令；
2．按重量征稅的貨物將以進口時的包裝進行銷售或批發，若(1)包裝上未標明凈重；(2)通常情況下，包裝內的數量和重量并不(或不被認為是)確定的，在上述二情況下，貨主又無法申明貨物的凈重，那么按毛重征稅；
3．貨物將以進口時的包裝進行銷售或批發，若(1)包裝上表明了貨物的數量；(2)包裝內的數量通常是可以確定的，那么就認為包裝內的數量不少于外包裝上表明的數量；
4．若液態進口貨物所用的包裝：(1)即為將來銷售所用；(2)是標準容量的包裝，那么，關長將在《肯尼亞公報》上宣布該標準容量即為該包裝的確定容量；
5．若關長認為進口、出口貨物所用包裝：(1)非常規的或不適于商品的；(2)設計的目的是最終用于進口或出口，而不是做為同類或近似貨物的包裝，那么，該包裝被認為是一種商品，而對其征收關稅。
(二)酒精消費稅的計征
1．酒精消費稅率以酒精從酒廠或其倉庫交貨時刻的稅率為準，扣除減免稅部分，酒廠主應交稅，或向有關官員擔保交稅；
2．酒精由酒精廠運往精餾廠應交納國內消費稅或向有關官員作出擔保；
3．產于肯國內的非酒精類產品的消費稅率以從生產者現貨交貨時的稅率為準。
(三)肯尼亞對進出口、消費性商品征收關稅與國內消費稅
關稅率為0％、5％、15％、25％和40％。40％的高額關稅稅率主要用于限制性物品的進口。
國內消費稅主要針對奢侈品，包括化妝品、瓶裝水。大多數商品稅率為10％。同一商品可同時征收關稅與國內消費稅。
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